ZincBind MCP сервер

MCP сервер, который предоставляет доступ к ZincBindDB GraphQL API для запросов структур сайтов связывания цинка и белковых данных из всеобъемлющей базы данных сайтов связывания цинка.

Установка

Из исходного кода

git clone <this-repository>
cd zincbind-mcp-server
npm install
npm run dev

Деплой на Cloudflare Workers

wrangler auth login
npm run deploy

Конфигурация

Claude Desktop

{
  "mcpServers": {
    "zincbind": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "mcp-remote",
        "https://zincbind-mcp-server.quentincody.workers.dev/sse"
      ]
    }
  }
}

Доступные инструменты

Возможности

• Запросы сайтов связывания цинка из структур белков
• Доступ к записям PDB (Protein Data Bank) с координацией цинка
• Поиск мультиметаллических сайтов и кластеров цепей
• Исследование лигандирующих остатков и геометрий связывания
• Возможности интроспекции схемы
• Работает на Cloudflare Workers
• Доступ к GraphQL API

Примеры использования

List zinc binding sites

Query specific PDB structure information

Perform schema introspection on the ZincBindDB

Find sites associated with specific protein structures

Explore zinc coordination patterns in proteins

Ресурсы

• GitHub Repository

Примечания

Требуется Node.js v18+, аккаунт Cloudflare для деплоя и Wrangler CLI. Доступен под лицензией MIT с требованием академического цитирования для исследовательского использования. Сервер работает по адресу localhost:8787/sse для разработки и по развернутому URL для продакшена.