UniProt MCP сервер

Комплексный MCP сервер, предоставляющий унифицированный доступ к UniProtKB и EBI Proteins API для работы с данными белковых последовательностей, функциональными аннотациями и структурной информацией с расширенными возможностями промежуточного хранения данных.

Установка

NPM Install

npm install

Development

npm run dev

Deploy to Cloudflare

npm run deploy

MCP Remote Proxy

npx mcp-remote http://localhost:8787/sse

Конфигурация

Claude Desktop

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "mcp-remote",
        "http://localhost:8787/sse"
      ]
    }
  }
}

Доступные инструменты

Инструмент	Описание
`uniprot_search`	Расширенный поиск по UniProtKB с комплексной фильтрацией и пагинацией
`uniprot_stream`	Инструмент массовой загрузки больших наборов данных с автоматическим промежуточным хранением
`uniprot_entry`	Получение отдельных записей UniProtKB по номеру доступа
`uniprot_id_mapping`	Сопоставление ID между различными системами баз данных
`uniprot_blast`	Выполнение BLAST поиска по UniProtKB
`proteins_api_details`	Детальная информация о белках из EBI Proteins API
`proteins_api_features`	Особенности белковых последовательностей и аннотации
`proteins_api_variation`	Вариации белковых последовательностей и болезненные варианты
`proteins_api_proteomics`	Протеомные данные из различных исследований
`proteins_api_genome`	Сопоставления координат генома
`data_manager`	Запрос, анализ и управление промежуточно сохранёнными наборами данных

Возможности

Унифицированный интерфейс для UniProt и EBI Proteins API
Расширенное промежуточное хранение данных с использованием SQLite для сложных запросов
Умная генерация запросов с автоматическими предложениями
Интеллектуальное обхождение для малых наборов данных
Масштабируемая архитектура на базе Cloudflare Workers
Обработка API с учётом ограничений скорости
Поддержка множественных форматов данных (JSON, TSV, FASTA, XML)
Автоматическое создание таблиц и нормализация данных
Массовое сопоставление ID между системами баз данных
Возможности BLAST поиска

Примеры использования

Search for human proteins: organism_id:9606 AND reviewed:true

Get protein details for accession P04637

Stage and query multiple proteins with SQL

Find cancer-related proteins and analyze with keywords

Search protein kinase family members

Ресурсы

GitHub Repository

Примечания

Построен на Cloudflare Workers с Durable Objects для масштабируемости. API ключи не требуются, поскольку как UniProt, так и EBI Proteins API имеют открытый доступ. Эндпоинты сервера доступны по адресам /mcp и /sse. Включает комплексные возможности SQL запросов для анализа промежуточно сохранённых данных.