RCSB PDB MCP сервер

MCP сервер, который предоставляет AI-ассистентам прямой доступ к базе данных белковых структур RCSB Protein Data Bank (PDB) через интеграцию с GraphQL API, позволяя получать данные о структуре белков, экспериментальную информацию и компьютерные модели структур.

автор: QuentinCody

Конфигурация

Claude Desktop

{
  "mcpServers": {
    "rcsb-pdb": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "mcp-remote",
        "YOUR_RCSB_PDB_SERVER_URL_HERE"
      ]
    }
  }
}

Возможности

Получение подробной информации о конкретных записях PDB, включая экспериментальные методы
Извлечение информации о молекулах, последовательностях и экспериментальных данных
Запросы к компьютерным моделям структур (CSMs)
Прямой доступ к GraphQL API PDB через разговорный AI
Мост между AI-моделями и структурированными данными RCSB PDB

Примеры использования

What is the experimental method used for PDB entry 4HHB?

Get the title and experimental method for PDB ID 1EHZ

Fetch the abstract for PDB entry 2DRI

Ресурсы

GitHub Repository

Примечания

Этот сервер предназначен для деплоя на Cloudflare Workers. Пользователям нужен URL развернутого сервера для подключения к AI-интерфейсам, таким как Cloudflare AI Playground или Claude Desktop. Основная логика находится в src/index.ts. Доступен под лицензией MIT с требованием академического цитирования для использования в исследованиях.