OMOP MCP сервер

MCP сервер для сопоставления клинической терминологии с концепциями Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP) с использованием больших языковых моделей для стандартизации медицинских данных.

автор: OHNLP

Установка

Из исходного кода

git clone https://github.com/OHNLP/omop_mcp.git
cd omop_mcp

Конфигурация

Claude Desktop

{
  "mcpServers": {
    "omop_mcp": {
      "command": "uv",
      "args": ["--directory", "<path-to-local-repo>", "run", "omop_mcp"]
    }
  }
}

Доступные инструменты

Инструмент	Описание
`find_omop_concept`	Сопоставляет клиническую терминологию с концепциями OMOP, валидирует терминологические сопоставления, ищет в словаре OMOP...

Возможности

Сопоставление клинической терминологии с концепциями OMOP
Валидация терминологических сопоставлений
Поиск в словаре OMOP
Конвертация между различными системами клинической кодировки

Переменные окружения

Опциональные

AZURE_OPENAI_ENDPOINT - эндпоинт сервиса Azure OpenAI
AZURE_OPENAI_API_KEY - API ключ Azure OpenAI
AZURE_API_VERSION - версия Azure API
MODEL_NAME - имя модели Azure OpenAI
OPENAI_API_KEY - OpenAI API ключ (альтернатива Azure)

Примеры использования

Map `Temperature Temporal Scanner - RR` for `measurement_concept_id` in the `measurement` table.

Map clinical terms with preferred vocabularies in order of priority (e.g., "SNOMED preferred" or "LOINC > SNOMED > RxNorm")

Ресурсы

GitHub Repository

Примечания

Требует менеджер пакетов uv. Рекомендуется указывать поле и название таблицы OMOP в промптах для улучшения точности. Обратитесь к omop_concept_id_fields.json для списка полей и таблиц OMOP, которые хранят идентификаторы концепций. Переменные окружения нужны только для API вызовов.