CIViC MCP сервер

MCP сервер для работы с базой данных CIViC (Clinical Interpretation of Variants in Cancer), позволяющий выполнять структурированные запросы и анализ информации о геномике рака и клинических интерпретациях вариантов через GraphQL и SQL.

Установка

Деплой в Cloudflare Workers

git clone <repository-url>
cd civic-mcp-server
npm install
npm run deploy

Конфигурация

Claude Desktop

{
  "mcpServers": {
    "civic-mcp-server": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "mcp-remote",
        "https://civic-mcp-server.quentincody.workers.dev/sse"
      ]
    }
  }
}

Доступные инструменты

Возможности

• Конвертация GraphQL в SQL: Автоматически преобразует ответы CIViC API в структурированные таблицы SQLite
• Эффективное хранение данных: Использует Cloudflare Durable Objects с SQLite для промежуточного хранения и запросов
• Умная обработка ответов: Оптимизирует производительность, обходя промежуточное хранение для небольших ответов, ошибок и запросов схемы
• Двухэтапный пайплайн: GraphQL запросы и SQL-анализ промежуточных данных
• Управление датасетами: Вспомогательные эндпоинты для управления промежуточными датасетами
• Три MCP промпта: get-variant-evidence, get-variant-assertions, get-variant-data с надежной генерацией GraphQL

Примеры использования

Какие последние данные по мутациям BRAF?

Покажи все терапевтические интерпретации для вариантов рака легких

Найди гены с наибольшим количеством данных в базе CIViC

/get-variant-evidence molecularProfileName:"TP53 Mutation" diseaseName:"Lung Adenocarcinoma" evidenceType:"PROGNOSTIC" first:"200"

/get-variant-assertions molecularProfileName:"TPM3-NTRK1 Fusion" therapyName:"Larotrectinib" status:"ALL"

Ресурсы

• GitHub Repository

Примечания

Реализует спецификацию MCP 2025-06-18. Требует деплоя в Cloudflare Workers и предоставляет эндпоинты управления датасетами по адресу /datasets. Использует интеллектуальную обработку ответов для оптимизации использования контекста, сохраняя большие результаты в SQLite и возвращая небольшие ответы напрямую.