bioRxiv MCP сервер

Обеспечивает связь между AI-ассистентами и репозиторием препринтов bioRxiv через Model Context Protocol, позволяя AI-моделям искать биологические препринты и программно получать доступ к их метаданным.

Установка

Из исходного кода

git clone https://github.com/JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server.git
cd bioRxiv-MCP-Server
pip install -r requirements.txt

Smithery (Claude)

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client claude --config "{}"

Smithery (Cursor)

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cursor --config "{}"

Smithery (Windsurf)

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client windsurf --config "{}"

Smithery (CLine)

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cline --config "{}"

Конфигурация

Claude Desktop (Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "biorxiv-mcp-server"]
      }
  }
}

Claude Desktop (Windows)

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "biorxiv-mcp-server"
      ]
    }
  }
}

Cline

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/biorxiv_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

Доступные инструменты

Инструмент	Описание
`search_biorxiv_key_words`	Поиск статей на bioRxiv по ключевым словам
`search_biorxiv_advanced`	Расширенный поиск статей на bioRxiv с множественными параметрами
`get_biorxiv_metadata`	Получение метаданных для статьи bioRxiv по её DOI

Возможности

Поиск статей: Запросы к статьям bioRxiv по ключевым словам или расширенному поиску
Эффективное получение данных: Быстрый доступ к метаданным статей
Доступ к метаданным: Получение детальных метаданных для конкретных статей
Поддержка исследований: Содействие исследованиям и анализу в биологических науках
Доступ к статьям: Скачивание и чтение содержимого статей
Список статей: Просмотр всех скачанных статей
Локальное хранение: Статьи сохраняются локально для более быстрого доступа
Исследовательские промпты: Набор специализированных промптов для анализа статей

Примеры использования

Can you search bioRxiv for recent papers about genomics?

Can you show me the metadata for the paper with DOI 10.1101/123456?

Ресурсы

GitHub Repository

Примечания

Требует Python 3.10+ и библиотеку FastMCP. Этот инструмент предназначен только для исследовательских целей - пожалуйста, соблюдайте условия использования bioRxiv и используйте ответственно.